Гляень MnoGoSearch отличная софтина, под никсы бесплатная. Сам на ней сижу.

Все удобно кладется в БД. Работает со всеми типами БД. можно организовать как поиск по сайту так и по сети.

Выводить можно из БД встроеными средствами своим скриптом либо использовать php api после установки модуля. Вообщем замечательная штука, особенно учитывая ее цену.

Система - http://www.mnogosearch.org/
Неплохой ман - http://linux.yaroslavl.ru/docs/conf/mnogosearch/index-ru.html