ещё попробуй добавить set_time_limit(0) в свой скрипт...

если скрипт на хостинге не работает, то скорее всего на хостинге в php.ini значение max_execution_time мало... нужно искать другой хостинг. Либо оптимизировать свой скрипт так, что бы он успевал выполниться за отведённое время.

Но есть и довольно – таки простой способ: допустим, в цикле отслеживается время выполнения скрипта и по достижении определенного времени выполнения, записываем текущее состояние выполнения в БД ( допустим, если у тебя флудер флудит почту, то сохраняем адреса на которые уже было отправлено) и рефрешим страницу.