Был опыт, только наоборот переносили с win2k на debian.
Мне кажется ваш вариант перехода на другу платформу немного странен.
Переносили не только с системы на систему но еще и с Postgres'а на MySQL, пришлось думать (много). Мой совет установить vmware и на ней отточить перенос, если будет кто-либо торопить - посылать лесом, дело достаточно хитрое может оказаться, особенно учитывая ваш опыт.