Если бэкапить базы эски, надо смотреть, какая эска, если базы на MS SQL, тогда надо еще в батнике прописывать остановку SQL сервера и запуск после окончания. А для бэкапа я часто использую консольную версию rar'а, а через ntbackup сохраняю systemstat'ы серверов