Хм, а что мешает переписать код и запустить процесс самому через CreateProcess(), потом сделать инъекцию, а в коде InjectionMain вместо MessageBox() вызвать LoadLibrary() и подгрузить свою длл?

Можно сделать сразу CreateRemoteThread() с адресом метода LoadLibrary() в целевом процессе.

Можно временно пропатчить IAT целевого процесса с заменой адреса какой-либо часто вызываемой системной функции на входную точку инъецированного кода, а потом пропатчить обратно.

Наиболее простой метод инъекции длл в процессы это использовать SetWindowsHookEx() - http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms644990(VS.85).aspx