Если ты наращивал ссылочную массу на страницу сайт/index.html и она после переноса стала страницей сайт/index.php (а страницы index.html теперь не существует) то вся ссылочная масса и позиции страницы в поисковиках слетят.
То есть, если переезд вносит изменения в урлы страниц (пусть даже меняться будет только расширение) и если при этом не оставлять старые страницы с редиректом на новые - будет обвал ссылочной массы.