Вообще это не только здесь проблемы, другие хостинги тоже болеют этим. Короче у меня было так: по фтп я пользователь Пупкин, когда скрипт создает папку, то у нее владелец или nobody или apache. Так вот, нифига ты не удалить, не добавить скорее всего не сможешь в эту папку по ФТП, если создал скриптом, то и заливать надо через скрипт. (Я когда решил все это удалить, пришлось шел заливать и удалять папки. Провайдер сказал, что только так.)