Полезная утилита wmctrl для управления окнами менеджера, совместимого с EWMH/NetWM (у меня в кедах норм работает).
Примерно так сделать окно на заднем плане:

wmctrl -r firefox -b "toggle,below"

Опцию минимизацию что-то не нащупал =\