Не знаю что там у тебя с чмодом... но если это скрипт, то можно его передать напрямую интерпретатору.
Если не скрипт, то попробуй заархивировать свой файл с сохранением прав доступа, а потом уже на сервере разархивировать, наврядли получится, но попробуй