Ява, питон, перл, пхп и им подобные имеют недостатки:
- по полной программе нельзя использовать все особенности платформы
- код абсолютно не защищен от изменения или реверса.
Другое дело, что есть огромное число либ и всяких примочек к ним. Это увеличивает скорость разработки в разы, но с другой стороны производительность хромает конкретно. Да и не какой оптимизации сделать не удастся.