В данном случае, скорее всего, забилось резервное место самого смарта. Т.е., говоря русским языком, bad-блоков настолько много, что проще выкинуть винт, чем продолжать его использовать. Кстати, иногда подобное бывает из-за перегрева жесткого диска - в данном случае могут появляться так называемые ложные bad-блоки. Помогает очистка области смарта спецутилитами, которые обычно поставляются только сертифицированным СЦ. Да и то, если был перегрев, то винт будет жить недолго.
Низкоуровневое форматирование - это разметка блинов заново, с расставлением форматных меток и организации секторов. Делается на заводе, либо с помощью опять же специальной аппаратуры, которая стоит приличных денег. Программно можно разве что очистить HDD.
В данном случае, имхо, проще похоронить винт с почестями.