Хм, только использовать, для подключения:
CLIENT_SSL Использовать шифрованный протокол SSL.
MySQL вроде шифрует данные, хоть и слабо, возможно в настройках, что то не настроено или сниффер сразу расшифровывает

Как вариант можно попробовать MD5(), PASSWORD(). MySQL должен расшифровывать пароль автоматически.

Вот тут можно чуть чуть найти информации по защите используя SSL:
Тык