если это не смерть контроллера/памяти флешки, а как вариант - глюн хаба виндового, то

попробуй снести все из HKLM\...CurrentControlSet\STORAGE, USBSTOR еще чето, вроде USB.

зы, ес вин7 - то надо переменную DEVMGR_SHOW_NONPRESENT_DEVICES=TRUE (добавить)
в окружение и в девманагере отобразить все скрытые девайсы и снести усб (там в свойствах каждого указано и что за носитель и как и тд - описание устройства предоставленное шиной) их нах