Как ты сам только что процитировал, единственный тип MD5-хешей которые обрабатывает JTR это FreeBSD MD5-based. Их он кушает и с солью и без. Обычные MD5 он не берет.
Ищи по форуму, где то здесь был перловый скрипт для соленых хешей vBulletin, может он тебе подойдет.