/etc/X11/xorg.conf
ищи где там секцию с клавой, ну или тупо Driver "kbd"
там ниже поправь строки
Option "XkbLayout" "us,ru"
Option "XkbVariant" ",winkeys"
Option "XkbOptions" "grp:alt_shift_toggle"

ну или под себя подгони.