Хм... Какой таймаут у апача, у сервака на котором все окей пашет?
Дело в том что если сервак рвет соединение то скрипт тоже завершится ибо результаты то отдавать некому будет.

есть в PHP параметр , что-то типо IgnoreUserAborted (или как-то так), если рвется соединение или ты нажал крестик в браузере то скрипт плюет на это, но вот не знаю толи в скрипте это прописывается толи в конфиге.

ОЗУ это все!

З.Ы. Я не знаток PHP и поэтому мои ответы не есть достоверными на все 100% а являются моими рассуждениями, основанными на тех знаниях что все-же есть.