насчет понапихать. в чем смысл, суть шела ? получение доступа к системе, облегчение доступа к системе. исходя из этого, мне кажется, было бы здорово реализовать что-то типа анализа системы - поиска файлов с ftp парлолями, mail паролями и прочей инфы, которая полезна при исследовании системы.
насчет ограничения в 50К - как вариант, например, сделать подгружаемые модули - указать в настройках хост/ip где лежат модули и при необходимости копировать их куда надо или в tmp
perl же вообще намного более удобный инструмент для исследования системы, чем php, а тулзы ты классные и полезные умеешь писать ...