suPHP может работать в нескольких режимах, owner, force и paranoid.
...
В режиме owner, процесс PHP исполняется от владельца каталога, куда смотрит виртуалхост.
В режиме paranoid - все также, за исключением того, что можно добавить директиву suPHP_UserGroup, и указать конкретного юзера для конкретного виртуалхоста.