Вроде бы сурс страницы берестся из шаблона, удаляй там подключение JS. Попробуй сменить шаблон. Еще могли вставить JS код в сам index.php, поищи там, есть там есть что-то вроде подключение JS, но удаляй и все.

Если ничего не понял, то сдампи БД, удали WP, поставь заного, восстанови БД, но только поставь новую версию и смени хостера (может через соседние сайты похекали), так же проверь свой комп на вирусы