двоякое выражение, ты имеешь ввиду с помощью шелла (наприм. sh/bash) запретить доступ в корень определенному юзверю/юзверям(uid>0)

или с помощью php-шелла (c99/wso)?

думаю первое - разрешить запись/чтение только с группы wheel или любой другой привилегированной группы (как? ), самих юзверей которым судьбой не предрешено видеть / в эту группу не добавлять. Второе в принципе так же