Помниться писал прожку на асм. Она просто перечисляла всё окна в системе ( в том числе и дочерние, по каллбак-функциям ), и каждому окну посылала флаг активности. Прикол в том, что активные окна так и остаются активными, а вот не активные становятся активными. И не нужно никаких манипуляций, просто запустил прогу, и она те всё активировала, до чего только может добраться.