Отвечу на данные вопросы
1. Может ли само приложение на java для мобильной платформе поменять всплывающее окно?
Ответ: НЕТ.
2. Возможно ли это в теории?
Да. Но для этого придется реверсить прошивку мобильника и изменения будут косметическими (изменится только текст на экране). То есть для java- "троянов" отправить скрытно смс нет никаких шансов.

p.s.: Весь мусор из темы удален. Закрыто.