если сам цЫгвин уже стоит то просто делай
wget http://ftp.funet.fi/pub/CPAN/src/stable.tar.gz
tar zxf stable.tar.gz && cd stable
./configure # тут задаешь нужные опции для конфигурирования
make && make install
вроде должно сработать. если нет - погугли "установка perl в cygwin"