для чего сравнивать надо? просто узнать о наличии различий(тогда можно обходить попиксельно но с изменяемым шагом до первой разницы, например проверяем каждый сотый пиксел, если совпали, то сдвигаем на один пиксель и заново проходим, и так 100 раз для проверки всей картинки. на худой конец никто не отменял многоядерность, плюс на хабре была тема про медленность попиксельной обработки
http://habrahabr.ru/blogs/net/92016/
http://habrahabr.ru/blogs/net/60085/

Если же обработка пикселов с разными значениями чтобы выравнять картинки - только попиксельный проход.