С помощью .htaccess не знаю как можно сделать.
С помощью PHP: можно в каждую папку залить файл index.php (этот вариант неэффективный, если количество каталогов слишком большое), который получал бы URI, потом генерировал имя для скачиваемого файла. Дальше можно переходить на главную страницу, но нужно реализовать какой нибудь дополнительный параметр (GET/POST, не имеет значения), с помощью которого в коде главной страницы будет выводиться iframe, который уже будет делать запрос на закачку требуемого файла.