1.Перемести файл подкачки на другой раздел (своп-файл виртуальной памяти).
2. Почисти папки временных файлов Windows\Temp и ещё в Documents&Setting ищи, ну или там, где я не знаю, какое значение у переменных окружения temp и tmp.
3. Отруби службу восстановления системы (она пишет откаты регулярно).
4. Ну могу предположить руткита с кейлоггером, который пишет крутые отчёты в скрытое место на диске и съёдает дисковое пространство, но это врядли...так как ИМХО ты не правильно определил объём файлов которые занимают место на диске (не учёл скрытые системные).

P.S. Patition Magic тебе поможет, смотри в ней скока чего в каждом разделе и есть ли ошибки в логической структуре диска и есть ли скрытые (не видимые винде разделы) на диске...