Пока ты будешь работать с Mysql, будут всё более и более развиваться key-value databases (Redis, MongoDB).
Мой тебе совет, если хочешь идти в ногу со временем, забей на mysql, начни изучать MongoDB, например.
ОН в 100500 раз перспективнее мускула и его можно применять в любых проектах.

Что касается мега-сайтов? Ах да... Я не встречал ни одной книги, где бы рассказывалось как делать высоконагруженные проекты, таких книг нет, но есть блоги,статьи,рекомендации, тот же Редис, гораздо проще Мускулу, устанавливается простым копированием файлов на сервер, поддерживает горизонтальное масштабирование и т.д.

Если какие то запросы требуют слишком много времени, их выносят в бэкграунд, например, загрузка видео,ресайзинг картинок и т.д. Вообще как ты понимаешь "Мега-сайт"?