потому что могут перекрыться классы в неймспейсах, например будет класс string из stl, и класс string от стороннего поставщика с гораздо большим функционалом, например в неймспейсе megalib. Если заюзить неймспесы std и megalib будет конфликт. Так же если вы не заюзали стд, а заюзали megalib, то при использовании объявления string наверняка большинство будет думать о классе стринг из std. То же самое будет и с самим разработчиком через некоторое время. То есть теперь надо будет думать, а откуда этот класс взят. Ну и плюс все что объявлно в неймспейсе становится видимо глобально. Поэтому и не рекомендуют так делать.

И да, все юзинги писать надо в cpp файлах, а не в хидерах.