man zip
или попробуй заюзать другой архиватор

вон например почитав хелп к winrar замутил команду
rar.exe a -o+ -ep -r X:\zlo\mailhist.rar *history.txt

a добавить фалы в архив
o+ перезаписывать
ep исключить пути файлов
r рекурсивно по всем дирам

ща читаю ман по зипу
так что что-то типа рекурсивно все файлы начиная с текущей диры с расширением fb2
zip -r foo . -i *.fb2

RTFM )