Многие популярные инсталляторы имеют возможность автоматической установки.
Например, для Windows Installer'а нужно указать ключ /qn тогда инсталлятор скроет все окна и незаметно установит приложение. Для NSIS это ключ /S. Чтобы узнать аналогичный ключ у другого инсталятора запусти его с ключом /? или /help.