Мда, ребята...
Уже 6 лет с линухом работаю и никогда неслышал чтобы пароли зранились в домашней папке юзера.
Кстати, раньше пароли действительно были в /etc/passwd, а теперь они храняться в /etc/shadow и это сделано было уже давно (я как начинал линух ковырять, то уже было как сейчас).
Что касаеться пароля на сипанел, то она не хранит паролей в базе или в папке юзверей, а пользуеться стандартными линуховыми методами аутентификации. Т.е. работает с /etc/passwd & /etc/shadow.
А вот пароль на ФТП, сипанел действительно хранит в базе, но в базе pure-ftpd сервера.
Пароли от аккаунтов в базе хранит Plesk и это его очень дольшая проблема, так как от этой базы буквально всё зависит.