Понажимай когда сидишь в топе shift+m и shift+p.
Первое покажет загрузку по процу, второе по памяти.
Определи что у тебя выжираеться - проц или память и каким процессом.
Так же посмотри есть ли свободная оператива (не юзаеться ли своп виснта)
free- m (выведет данные по всей памяти что есть)
vmstat 5 выведет количестко ображений в винту каждые 5 секунд. там даже видно свопиться ли система или просто данные с винта тащит.
mysqladmin processlist покажет сколько подключений и к каким базам в данных момент происходит к мускулю.
Тут ищи операции "copy to tmp table" и "locked". Первая операция при большом количестве запросов на одну базу память выжирает, а вторая указывает либо на битость базы, либо на вложенные ображения к базе, что тоже может выжирать память.
Короче, почитай маны с описание этих команд чтобы понять что на что указывает. Советую попробовать ещё одну утилитку "atop" - если ты на машине ядро с её поддержкой скомпилишь, то в ней же можно будет посмотреть загрузку винта.