escapeshellarg - строка обрабатывается шеллом
escapeshellcmd - почти тоже самое )
exec - выполнение
passthru - аналогично
proc_open - выполняет комманду и открывает поинтэра файла для ввода-вывода
shell_exec - комманды через bash
system - опять же выполняет и выводит результат

include()
include_once()
require()
require_once()
инклуд файлов

__________________