Просто очень часто (да практически всегда!) код ассемблера не компилится под транслятором, для которого не предназначен. То есть masm,fasm,yasm очень слабо совместимы. Что говорить о компилируемости кода из декомпилятора. Дорабатывать нужно будет много. Не думаю, что не удастся прямо дизассемблировать и сразу компилировать бинарник.