На чем умеют на том и пишут.
Мой знакомый написал на Perl и скомпилил...а еще на яве...
правда я не видел исходников ни того ни того ))))
но они реально работают. один троян для локальной сети, когда выходят по локалке в инет, клиент посылает на ИП обладателя сервака ИП жертвы и всякую инфу. сервак запускают и все качаем фалы себе на комп, а платит обладатель клиента )))))