Если залить шелл с пк, то префикс добавится. НО ниже заливки есть строчка "uploads/files/" в которую необходимо руками прописать .htaccess (добавится без префикса). При заливке как-будто бы произойдет перезапись файла... Далее его удаляем и нам уже .htaccess мешать не будет
Еще инклудом в шаблоне можно шелл заюзать.