Все верно, кроме одного но, там все запутано, что просто .... index.php в корне не связан(или я ошибаюсь) с site.com я могу удалить его и site.com будет норм работать

когбуд-то индекс от другого какогото сайта или диры

Первый раз с таким сталкиваюсь, сколько было, все было нормально, тут очень как-то по-хитрому запутано!