в каждом отдельном случае надо смотреть как обойти фильтр, как правило надо смотреть обрезается только > или полностью код, панацеи тут нет как вариант помогает закодировать строку ну например строку alert(document.cookie) полностью заменяет такой код data:text/html;base64,PHNjcmlwdD5hbGVydChkb2N1bWVudC5jb29raW UpPC9zY3JpcHQ+

как видиш в нем не содержиться символа >

вобщем нельзя что то советовать , не видя конкретного сайта с уязвимостью