Тот шелл, который ты через ftp залил не надо инклюдить никуда. Заходишь на этот шелл браузером, далее заливаешь через него в /tmp/ другой шелл, права даешь ему 777 на всякий случай и инклюдишь уже его через инклюд, который ты нашел.