file.PHP (file.PHP3 и т.д.)-- если в проверке по чёрному списку использовали регистрозависимые функции
file.jpg.php, file.gif.php (и вариации) -- при кривых регулярках
file.php.giflalala, file.php.lalalajpg -- кривые регулярки и mod_mime
file.php%00.gif -- опять-же криворукие программеры (тут несколько вариантов зависящих от реализации, например расширение отрубается при копировании, в функции copy() и мы получаем файл с расширением .php)