Походу это именно оно...
Если я правильно понял работу скрипта, мне достаточно, поставить атрибуты на все файлы(в том числе и индекс) 444, то есть read, и проблема решена? Или нет?
Доступ на сайт только по ftp естественно по правам рута. Никаких скриптов с записью в индекс и в другие файлы нет.
То есть права рута, насколько я понимаю, тока у юзера, который ходит по ftp. Поставив атрибуты на файлы 444 и поменяв пароль на фтп, проблема должна исчезнуть?