клео:

1. добавляет свои опкоды

2. ставит множество хуков для обеспечения работы скриптов

3. контролирует работу scm-потоков на протяжении всего времени их существования

4. хранит многие вспомогательные и служебные данные для каждого скрипта

5. клео и клео-скрипты - неразделимое целое, им друг без друга не работать

...

всё, что делает аси лоадер - это инжектит элементарным способом dll-библиотеки в процесс игры и после этого уже никак с ними не взаимодействует. всё общее между аси лоадером и клео заканчивается на загрузке исполняемых файлов в игру.