Если еще актуально, то идеально заливать шелл (при админ правах) через темы оформления.
Т.е. создаешь зип файл с шеллом, название запоминаешь (например - cool.php). Идешь в админку, загружаешь новую тему. Твой шелл будет по адресу /Themes/cool.php (или /Themes/имя zip-архива/cool.php) , точно уже не помню.