гарантировано и быстро можно узнать изучив httpd.conf и/или nginx.conf.

как правило, эти файлы доступны для чтения только рутом

более долгий, но менее требовательный к полномочиям, способ состоит в том, чтобы обойти все каталоги сайтов и найти в них информацию о домене. в лоб - сделать в ручную, но можно написать скрипт (который не факт, что выполнится, ибо таймаут у апача на выполнения скриптов), автоматизирующий поиск