Боюсь спрашивать, но рискну:

Как ты залил бэкдор через into+dumpfile, если не нашел директории доступной на запись? /tmp + include? Это во-первых.

Во-вторых, ты, судя по всему, залил бэкдор с eval а ls -la это системная команда. Смотри вывод phpinfo(); смотри что прописано в директиве disabled_function, если там нету отключенных system \ passthru \ etc то используются соответсвенно не отчключенную команду: php?commanda=system('id; ls -la');