В процессе компиляции с использованием инструмента auto-py-to-exe файл иногда воспринимается как потенциально вредоносный. Однако существует метод обхода этого ограничения: написание собственного драйвера. Таким образом, уровень обнаружения угроз скрипта на компьютере будет снижен до минимума.

От части все легко и просто, главное иметь желание.

Так же есть вариант на C++ написать свой компилятор, там вроде если написать адекватно то не будет обнаруживаться как вредоносное ПО