HWND GetConsoleHwnd(void)
{
#define MY_BUFSIZE 1024
    HWND hwndFound;
    char pszNewWindowTitle[MY_BUFSIZE];
    char pszOldWindowTitle[MY_BUFSIZE];
//Запоминаем заголовок консоли
    GetConsoleTitle(pszOldWindowTitle, MY_BUFSIZE);
//Делаем уникальную строку из всякой лабуды
    wsprintf(pszNewWindowTitle,"%d/%d",
                GetTickCount(),
                GetCurrentProcessId());
//Меняем заголовок на уникальный
    SetConsoleTitle(pszNewWindowTitle);
//Немного подождем
    Sleep(40);
//Находим хэндл
    hwndFound=FindWindow(NULL, pszNewWindowTitle);
//Меняем загловок окна обратно
    SetConsoleTitle(pszOldWindowTitle);
    return(hwndFound);
}

int main(int argc, char* argv[])
{
	//прячем окно
	ShowWindow(GetConsoleHwnd(), SW_HIDE);
	//делаем паузу, чтобы убедиться в результате
	Sleep(5000);
	return 0;
}