В общем-то отличить версию dokuwiki не сколько сложно, сколько нудно.

Качаешь примерный диапазон версий dokuwiki, и смотришь какой, например, JS файл отличается во всех версиях, ну или еще смотреть наличие других промежуточных файлов можно.

Сравнивать файлы лучше по:

1. размеру

2. md5

Определить точную версию — реально.